Quand Rhaegar rencontre Lyanna, il est déjà marié avec Elia Martell. Donc ça voudrait dire qu'il a répudié Elia pour épouser Lyanna ? Mais si c'est consigné chez les mestres, alors ça voudrait dire que c'est officiel et que donc, tout le monde devrait le savoir ! Or, ce n'est pas le cas, puisque Robert est entré en guerre du fait de "l'enlèvement" de Lyanna par Rhaegar (on sait que ce n'en était pas un). Par ailleurs, si Elia avait été officiellement répudiée par Rhaegar, les Dorniens auraient du s'en prendre aux Stark et aux Targaryen, et non aux Lannister (même si la Montagne a effectivement tué Elia et ses enfants). Or, les Dorniens ne semblent pas être au courant ?
Mais, sinon, oui, dans les faits, Jon est plus légitime que Daenerys du fait de sa préséance dans l'ordre d'accession au trône. Après Aerys, Rhaegar était l'héritier légitime, et donc son fils également.